Conceição de Itanhaém foi “fundada” em 1532, tendo o envolvimento de Martim Afonso de Sousa, comandante português e donatário da Capitania de São Vicente, durante sua primeira expedição colonizadora ao território brasileiro que escolheu o local onde se estabeleceria a povoação, por meio da instalação de uma capela em louvor à Imaculada Conceição.
Missionários da Companhia de Jesus, Leonardo Nunes e José de Anchieta, visando à catequização dos índios construíram a igreja que foi o marco inicial da aldeia e feitoria de Nossa Senhora da Conceição. Em 1549 foi criada a freguesia, na época parte de São Vicente que foi transformada em vila, por provisão de 1561, outorgada pelo Capitão-mor Francisco de Moraes, tenente.
Tem em seus prédios históricos, o testemunho da época da colonização do litoral paulista, com a Capela (agora Convento) Nossa Senhora da Conceição (1532), a Casa de Câmara e Cadeia que se supõe tenha sua construção se dado em 1561, quando da elevação à categoria de Vila e a Igreja Matriz de Sant’Anna (1639), todos originalmente agrupados dentro de uma paliçada, área que hoje forma o Centro Histórico.
Em 1624, em decorrência de uma disputa pelas terras entre os herdeiros de Martim Afonso de Sousa, Conceição de Itanhaém tornou-se cabeça de Capitania, ganhando importância política no quadro de ocupação do território colonial. Ainda no século XVII, destaca-se a presença dos padres franciscanos que, com a ajuda de alguns habitantes, construíram em Itanhaém sobre a antiga Capela, um dos principais conventos da sua Ordem no Brasil.
Foi elevada à categoria de município em 1700 por meio de Carta Régia, mas somente em 6 de novembro de 1906 recebe sua denominação atual, com seu nome passando de Conceição de Itanhaém para Itanhaém.
Teve sua época áurea durante o cultivo da banana, tornando-se a maior produtora de bananas do litoral paulista, cultura que lhe valeu o advento da estrada de ferro no início do século XX. Com a relativa facilidade de acesso, o município passa a receber mais visitantes, sendo presenças ilustres as dos modernistas que abrilhantaram a Semana de Arte Moderna em São Paulo, Alfredo Volpi, Mario de Andrade, Anita Malfatti, Tarsila do Amaral, Oswald de Andrade na década de 1920, época em que desponta no cenário artístico o pintor Emidio de Souza.
A data magna do município foi instituída por Decreto Estadual em 1956, que lhe concedeu o dia 22 de abril para as comemorações do aniversário; sendo, portanto, 489 anos completados no ano de 2021.
O território de Itanhaém, outrora bem maior, teve desmembrado áreas para criação de 3 outros municípios: Itariri em 1948 e Mongaguá e Peruíbe em 1959.
Na 2ª metade do século XX o município recebe a rodovia, facilitando muito o acesso que era feito pelas praias e desperta crescente interesse no setor imobiliário, provocando o comércio de lotes, principalmente para domicílio de férias e temporada, ao longo da orla marítima, formando o perfil atual de Estância Balneária que tem o turismo como sua principal atividade econômica.
Benedicto Calixto de Jesus, pintor acadêmico e historiador é o “filho mais ilustre” da cidade, mas vários outros pintores, artistas e escritores residiram ou frequentaram Itanhaém, registrando em obras de arte a grande beleza natural e riqueza cultural do seu povo, que mantém vivas a séculos festas tradicionais como a Festa do Divino Espírito Santo, a Festa da Padroeira Nossa Senhora da Conceição e o Reisado Caiçara.